汉国的水军是吕哲刚发家不久就被重视的兵种，当时吕哲治下只有竟陵一处造船工坊，该工坊所制造出来的船只只能提供于内河行驶。
吕哲麾下的水军正式得到高速发展是在南陵城建成之后，于长江中游河段的左右两岸设立三处造船厂着手研究新型船只，不过这个时候还是主要研发内河类型的船只。
开始研究海航类型的船只是在吕哲攻占百越诸地，吞并了闽粤之地、瓯越之地、岭南之地，先是在新设的闽南郡沿海（现代泉州附近）设立第一处海航船只研究基地，其后又在南海郡沿海（现代广东附近）设立两处海航船只研究基地。第四处海航船只研究基地是在吞并齐国之后，设立于东海郡的东门阙（现代连云港）。
沿海的研究基地设立开始了吕哲治下对于褐水海军的启航之路，不过总得来说大多是属于研究实验性质，五六年的时间内各式各样造型的船只被研究和制造出来，开出沿海后有些离岸行驶不到十来天直接喂了鱼，有些是使用一两个月虽然没有沉没却也发现巨大隐患只能返厂，……
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